吴健雄学院是东南大学培养拔尖创新人才的荣誉学院，学院以世界杰出物理学家、东南大学校友吴健雄先生的名字命名，著名物理学家、诺贝尔物理奖得主丁肇中先生受聘为学院名誉院长，东南大学校长易红教授兼任学院院长。
吴健雄学院的发展历程最早可以追溯到1985 年成立的原南京工学院少年班；1990 年， 依托学校办学特色和学科优势，拓展生源来源，少年班演化发展成为电子信息类强化班；在积累多年优秀人才培养经验的基础上，2004 年东南大学正式成立吴健雄学院。三十年来，吴健雄学院（强化班）作为东南大学拔尖创新人才的培养基地，为国家、社会培养出了一批批基础扎实、知识面宽、适应能力强、富有创造力的优秀人才。
学院践行“卓越化、个性化、国际化”的育人理念，以培养具有远大的理想抱负，强烈的进取精神，扎实的基础理论，科学的知识结构，优良的素质能力，持续的发展潜力和国际竞争力的高层次拔尖创新人才为目标。聘请国内外优秀师资开展小班化和研究型教学；实行全程导师制，为学生及早进入国家级科研平台进行创新能力培养提供良好条件；利用校、院两级资源平台开展多种形式的国际交流培养，为学生迈向更高发展平台打下坚实基础并提供有效支撑。
学院现设有面向大工科优秀学生、实施导师指导下的个性化培养的“高等理工实验班”以及面向电子信息类和机械动力类优秀学生、实施按大类宽口径培养的“2+2学科大类强化班”，在校学生人数近500 人，毕业生继续深造比例达80%。
以培养具有国际竞争力的拔尖人才为目标，遴选大工科优秀学生独立编班，采用导师全程指导、优才优育、本研贯通、个性化培养的方式。学生可根据自己的专业兴趣选择适合自身发展的专业方向，选择高水平学术带头人和学术骨干担任导师，对其课程学习计划和科研实践训练进行个别指导。
通识教育基础课程实施集中培养，要求学生具备坚实的数理基础、良好的人文社科知识和综合素质，具有较强的自主学习能力和实践动手能力。从二年级起，学生在吴健雄学院和导师的指导下，制定个性化的培养计划，并逐步进入国家级科研平台和科研团队，进行“突出研究、强化实践、致力创新”的后期专业培养。
包括电子信息类强化班和机械动力类强化班，实行“2+2”培养模式，前两年在吴健雄学院集中接受“厚基础、强实践、宽口径”的大类培养。三年级起实施学科大类内的专业分流，在保证学校教学资源充分利用的前提下，学生可在学科大类内选择适合自身发展的专业方向，进入各专业培养。
凡被我校信息电子、电仪自动化、土木交通、机能材化、生命科学等五个工科学部相关工科专业录取的高考优秀生、特招少年生可在收到“东南大学吴健雄学院选拔申请表”后提出申请，经考核择优分别转入
吴健雄学院“高等理工实验班”或“学科大类强化班”学习。毕业时，根据国家学士学位授予条例、本科毕业生规定以及吴健雄学院相关规定，达到要求者获得相关专业的学士学位证书和毕业证书，并授予吴健雄学院荣誉毕业证书。
学校为吴健雄学院的学生提供良好的学习环境，在资源配置和政策上给予吴健雄学院学生优先支持。学院评优比例、学习优秀生比例、免试推荐研究生比例均高于其他学院，其中高等理工实验班学习合格者均可免试推荐研究生。
同时，吴健雄学院严格执行转入进出机制。因学习或其它原因不适宜继续在吴健雄学院学习者，将按照相关规定转出；其它院系的优秀学生可通过学校转系转专业的相关程序选拔到吴健雄学院学习。
在学院“卓越化、个性化、国际化”育人理念的指引下，吴健雄学院的学生勤奋好学、奋发向上，追求卓越、立志创新。近年来，学院学生和班级荣获全国栋梁之星、宝钢教育基金优秀学生特等奖、江苏省十佳青年学生、江苏省优秀学生干部、江苏省三好学生及江苏省先进班集体等荣誉称号；2008-2014 年在校生获国际、国家、省区级学科竞赛奖368 项721 人次，获奖人数占院在校学生总人数78%，其中在国际大学生数模竞赛中荣获国际特等奖和多项国际一等奖，在机器人大赛上荣获多项国际冠军，在全国大学生电子设计竞赛中荣获最高奖项“索尼杯”和多项一等奖，在全国智能汽车、节能减排、创业大赛等多项赛事中均取得优异成绩；在校生获江苏省本科生优秀毕业设计论文17 篇（占全校1/4）；学生在正式刊物和国际学术会议上发表学术论文百余篇；获授权和申请国家专利20 多项。学院每年有80% 左右的毕业生到国内外一流大学继续深造。学院的毕业生发展前景广阔，许多毕业生已在科技、经济、管理等领域崭露头角，他们当中有在国际一流的科研机构（如美国AT ＆ T 贝尔实验室）从事科学研究，成为了相关领域有影响力的专家；有在国内外大公司( 如美国高通、TI、NI) 从事新技术、新产品的开发研制的工作，为企业创造了巨大的产值利润；有在国内外知名大学从事学术研究和人才培养工作，被聘为“长江学者”特聘教授，成为著名的学者；有因其在相关领域的特殊贡献，荣获省级先进工作者等荣誉称号……
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